הר הבית עליו שכנו בתי המקדש הראשון והשני, הוא המקום הקדוש ביותר. הר הבית הינו "המקום אשר יבחר ה'. בדברי הימים, נקרא הר הבית בשם "הר המוריה", ולפיכך הוא מזוהה עם אותו הר ב"ארץ המוריה" עליו התרחשה עקידת יצחק, ואותו קרא אברהם בשם "ה' יראה".
על אבן השתיה המצויה בהר הבית במקום קודש הקודשים, התבטאו חכמינו ז"ל כי ממנה "הושתת העולם". כמו כן, מוזכר המקום כמקום ממנו נלקח העפר ליצירת האדם הראשון, בו בנה את מזבחו, בו הקריבו קין והבל את קורבנם, ובו בנה נח את מזבחו כשיצא מן התיבה.
בית המקדש היה המקום אליו מכוונות תפילותיהם של ישראל, כמו שאמר שלמה המלך בתפילתו בחנוכת המקדש: "…וְהִתְפַּלְלוּ אֶל ה' דֶּרֶךְ הָעִיר אֲשֶׁר בָּחַרְתָּ בָּהּ, וְהַבַּיִת אֲשֶׁר בָּנִתִי לִשְׁמֶךָ". גם לאחר חורבן המקדש עיני העם היהודי היו נשואות בתפילתם אל מקום הר הבית.
על הר הבית יקום בית המקדש השלישי כנאמר בספר ישעיהו "והיה באחרית הימים נכון יהיה הר בית ה' בראש ההרים ונשא מגבעות, והלכו עמים רבים ואמרו לכו ונעלה אל הר ה' אל בית אלהי יעקב ויורנו מדרכיו ונלכה באורחותיו, כי מציון תצא תורה ודבר ה' מירושלים". גם ספר מיכה אומר זאת "והיה באחרית הימים יהיה הר בית יהוה נכון בראש ההרים ונשא הוא מגבעות ונהרו עליו עמים".